明王朝平蜀后，置四川承宣布政使司，又置四川都指挥使司和提刑按察使司，合称“三司”，分掌行政、军事、司法。各地府、州、县地方政府相继建立起来。在县以下，普遍建立里甲机构，在城市建立坊厢机构，使王朝的赋役征调得到保障。为了统治多民族的四川地区，明朝在四川大力推行土司制度，先后在川建立15个土司地区。由于条件不成熟，时常引起少数民族的反抗。1450年，高（县）、珙（县）、筠（连）、戎（兴文）的夷人反抗汉官“下砦征粮害我”，进攻县城。正德年间，都掌蛮发动起义，明军14万人围剿，镇压了起义。而万历年间苗族土官杨应龙和天启年间奢崇明、安邦彦的举事，则属有割据野心的世袭土官的反叛。

　　明朝中叶，四川人民赋税沉重，地主兼并土地日益严重，不断引起农民起义，并波及陕、湖、贵等省。