清王朝在四川统治的巩固,是在同大西军余部等抗清势力的反复斗争中逐步实现的。直到1659年,清巡抚高明瞻夺取成都,四川巡抚统治机构才首次从保宁迁成都建署。至1665年下川东战事结束,全蜀才归于清王朝统治之 下。清朝四川省领府12、州8、厅6。虽四川总督多次改称川陕总督,省的建制却一直保留。
康熙年间的三藩之乱,战火延及四川,川南、川东北、川东相继失守。1681年,清勇略将军赵良栋大败吴三桂叛军,清王朝在四川的统治得到进一步 巩固。